長時間労働への労基署の指導が2026年9月から変更｜企業の対応と36協定の健康福祉確保措置
mediva
厚生労働省は2026年8月19日、長時間労働に関する相談・支援と監督指導の見直しを公表しました。9月1日から、全国の労働基準監督署（労基署）と働き方改革推進支援センターで新しい取り扱いが始まっています。労基署が重点的に確かめるのは、各企業が36協定で定めた「健康及び福祉を確保するための措置」（健康福祉確保措置）を実際に講じているかどうかです。措置の実施状況を記録して保存すること自体は、2019年4月から労働基準法施行規則の義務でした。9月からは、その記録が労基署の確認対象になります。
労基署が2026年9月1日から重点的に確認する事項
公表したのは厚生労働省労働基準局（労働条件政策課労働時間特別対策室・監督課）です。2026年8月19日に「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」という題で発表されました。日本成長戦略（2026年7月21日閣議決定）と経済財政運営と改革の基本方針2026を受けた対応で、2026年9月1日から実施されています。
これまで労基署は「時間外・休日労働時間数のみに着目して1か月45時間以内への削減を求める一律の指導」を行っていました。9月1日からは「各事業場が36協定で定める健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じた必要な指導を行う」と発表文にあります。ただし「過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導を行う」とも明記されているため、時間数を見なくなったわけではありません。
相談と支援の窓口も変わりました。全国の働き方改革推進支援センターに、36協定や柔軟な労働時間制度の活用を支える専門相談窓口が置かれています。労基署の労働時間相談・支援班とチームを組み、企業を訪ねて支援するアウトリーチ型の取り組みも始まりました。発表に添えられたリーフレットによると、支援センターでは社会保険労務士などの専門家が労務管理の実務について提案します。労基署の職員は労働時間に関する法令の説明を受け持ちます。どちらも無料です。
出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」（2026年8月19日）
今回の見直しと時間外労働の上限規制の関係
今回の見直しは監督指導の進め方と相談支援の体制についてのもので、発表文に時間外労働の上限規制を変える記述はありません。
上限規制は労働基準法第36条に定められています。時間外労働の限度時間は月45時間・年360時間です（対象期間が3か月を超える1年単位の変形労働時間制では月42時間・年320時間）。臨時的な特別の事情があって労使が合意する場合でも、時間外労働は年720時間以内が上限で、この720時間に休日労働は含みません。これとは別に、時間外労働と休日労働を合わせて月100時間未満、2〜6か月の平均で80時間以内という条件があります。この条件は特別条項の有無にかかわらず、36協定にもとづいて働かせるすべての場合に適用されます。月45時間を超えられるのは年6か月までです。いずれも法律の規定なので、監督指導の進め方が変わっても効力に変化はありません。なお、建設事業、自動車運転の業務、医業に従事する医師については、2024年4月から一部異なる上限が適用されています。
「1か月45時間以内への削減を求める一律の指導」の見直しは、限度時間そのものの見直しではありません。限度時間を超えて働かせる場合に協定した健康福祉確保措置が、実際に機能しているかを確かめる方向へ変わりました。労基署が見る対象は、時間数から措置の実施状況へ移っています。
36協定に関する指針（平成30年厚生労働省告示第323号）の第3条には、使用者の責務が定められています。36協定の範囲内で働かせた場合でも、使用者は労働契約法第5条の安全配慮義務を負います。労働時間が長くなるほど過労死との関連性が強まることにも、留意が必要とされています。その根拠が脳・心臓疾患の労災認定基準（令和3年9月14日付け基発0914第1号）です。認定基準では、1週間あたり40時間を超える労働時間が1か月におおむね45時間を超えて長くなるほど、業務と発症の関連性が徐々に強まると評価します。発症前1か月間におおむね100時間、または発症前2か月間から6か月間までにおいて1か月あたりおおむね80時間を超える場合は、関連性が強いと評価されます。この水準に至らない時間外労働でも、労働時間以外の負荷要因とあわせて総合的に評価する仕組みです。監督指導の進め方が変わっても、この医学的な前提は変わりません。
出典：労働基準法第36条・第139条〜第141条、平成30年厚生労働省告示第323号第3条、令和3年9月14日付け基発0914第1号
36協定の健康福祉確保措置 9項目の具体的内容
労働基準法施行規則第17条が定める協定事項と記録の義務
健康福祉確保措置の根拠は、労働基準法第36条第2項第5号を受けた労働基準法施行規則第17条第1項第5号です。同号は「限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置」を協定で定める事項としています。同項のただし書により、限度時間を超えて働かせる定め（いわゆる特別条項）をしない協定では、この事項を定める必要はありません。対象になるのは、特別条項付きの36協定を結ぶ企業です。
措置の中身は、指針（平成30年厚生労働省告示第323号）第8条が定めています。条文は「労使当事者は、限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置について、次に掲げるもののうちから協定することが望ましいことに留意しなければならない」というもので、これに続けて9つの措置が並んでいます。
労働基準法施行規則第17条第2項は、措置の実施状況の記録を義務づけています。対象は「前項第五号に掲げる措置の実施状況に関する記録」です。保存期間は協定の有効期間中と、有効期間が終わった後5年間です（同規則附則第71条により、当分の間は3年間）。健康福祉確保措置は協定して終わりではなく、実施状況を記録に残すところまでが省令上の義務になっています。
協定した措置を講じていない場合の扱いは、上限規制の違反とは分かれます。時間外労働と休日労働の合計が月100時間以上になった場合や、2〜6か月平均で80時間を超えた場合は労働基準法違反となり、同法第119条の罰則の対象です。これに対して、指針に適合しない36協定は直ちに無効とはなりません。労働基準法第36条第9項にもとづく助言・指導の対象と整理されています（平成30年12月28日付け基発1228第15号）。9月からの監督指導も、この助言・指導の枠組みで行われると考えられます。
出典：労働基準法第36条・第119条、労働基準法施行規則第17条、同附則第71条、平成30年厚生労働省告示第323号第8条、平成30年12月28日付け基発1228第15号
厚生労働省の記載例（様式第9号の2）で選ばれている措置
届出に使う様式第9号の2（特別条項用）の記載心得では、9項目に「⑩ その他」を加えた10の番号から、あてはまるものを選びます。選んだ番号ごとに「具体的内容」の欄へ実施する中身を書く形式です。記載例には、限度時間を超えた労働者に対し①〜⑩のいずれかの措置を講ずることを定めるよう案内があり、記載例自体は「①、③、⑩」を選んでいます。具体的内容の欄は「対象労働者への医師による面接指導の実施、対象労働者に11時間の勤務間インターバルを設定、職場での時短対策会議の開催」です。面接指導の対象となる時間数は、記載例には書かれていません。
出典：厚生労働省「36協定届の記載例（特別条項）」
9項目それぞれの中身と残す記録
① 医師による面接指導
協定にもとづく面接指導は、労働安全衛生法第66条の8の面接指導と対象者が違います。法定の面接指導は、時間外・休日労働が月80時間超かつ疲労の蓄積が認められる労働者からの申出により行います。協定の①が対象にするのは、限度時間を超えて働かせた労働者のうち、「具体的内容」欄で定めた「一定時間」を超えた労働者です。指針第8条第1号の文言は「労働時間が一定時間を超えた労働者に医師による面接指導を実施すること」とあるだけで、数値は示されていません。記載例にも数値がないため、各企業が労使で定めます。
なお、新技術・新商品などの研究開発業務は別枠です。1週間あたり40時間を超える労働時間が月100時間を超えた時点で、申出の有無を問わず面接指導が義務づけられています（同法第66条の8の2）。高度プロフェッショナル制度の対象者も、健康管理時間が同じ水準を超えた場合に申出を要しない面接指導の対象です（同法第66条の8の4）。
厚生労働省のQ&Aでは、健康福祉確保措置は原則として限度時間を超えるたびに講じる必要があるとされています。面接指導の時期は、1か月の時間外労働時間を算定した日から概ね1か月以内が望ましいというのがQ&Aの示す目安です。給与計算の締め日が月の途中にある企業では、労働時間の確定が締め日のあとにずれ込みます。算定から面接までを1か月に収めるには、日程の組み方を先に決めておく必要があります。
手順は月ごとに回ります。時間外・休日労働時間を算定したあとに対象者を抽出し、産業医の面接日程を案内します。月ごとの対象者リスト（算定結果）、面接指導の実施日と担当した医師、面接指導の結果、医師の意見、意見を踏まえて講じた措置までが一続きの記録です。法定の面接指導と同じ医師・同じ様式で行えば、記録の管理は一本化が可能です。労働安全衛生規則第52条の6は法定の面接指導の結果の記録を5年間保存すると定めているので、協定にもとづく面接指導も同じ期間で管理すると整合が取れます。労働者50人未満の事業場には産業医の選任義務がないため、面接指導を担当する医師は地域産業保健センターで確保する選択肢があります。
② 深夜業の回数制限
②は、午後10時から午前5時までの深夜時間帯（労働基準法第37条第4項）に働かせる回数を月○回以内と定める措置です。指針の文言は「法第三十七条第四項に規定する時刻の間において労働させる回数を一箇月について一定回数以内とすること」です。厚生労働省のQ&Aによると、この回数制限の対象には所定労働時間内の深夜業も含まれます。回数の目安として、労働安全衛生法第66条の2の自発的健康診断の要件である月4回以上の深夜業を参考に協定する方法が示されています。交替制勤務のように所定労働時間に深夜業を含む職場では、他の措置を組み合わせる設計が必要です。上限の数値は協定の「具体的内容」欄に書きます。勤怠データから対象者ごとの深夜業回数を月ごとに集計し、協定の数値と突き合わせた結果が、そのまま実施状況を示す資料です。上限を超えた人がいた月は、その対応も併せて残します。
③ 勤務間インターバル
厚生労働省の記載例が挙げるインターバルは11時間です。指針第8条第3号は「終業から始業までに一定時間以上の継続した休息時間を確保すること」とだけ定めており、時間数は協定で決めます。脳・心臓疾患の労災認定基準は、長期間の過重業務を判断するときの負荷要因の一つに勤務間インターバルを挙げています。おおむね11時間未満の勤務の有無・時間数・頻度・連続性を検討する定めです。記載例の11時間はこの水準と整合する数値です。
労働安全衛生法第66条の8の3は、労働時間の状況の把握を事業者に義務づけています。その方法は労働安全衛生規則第52条の7の3第1項にあり、タイムカードによる記録、パソコン等の使用時間の記録などの客観的な方法です。終業時刻と翌日の始業時刻の間隔は、この記録から日ごとに割り出せます。残す資料は、インターバルの設定時間、対象者ごとの未達日の一覧、未達が生じた日の対応（翌日の始業時刻の繰り下げなど）の記録です。
④ 代償休日・特別な休暇の付与
「労働者の勤務状況及びその健康状態に応じて、代償休日又は特別な休暇を付与すること」が④の文言です。付与の引き金を時間数に置くか、健康状態に置くかで設計が分かれます。限度時間を超えた月の翌月に代償休日を与えるといった時間基準なら、対象者は勤怠データだけで決まる仕組みです。面接指導や健康診断の結果を踏まえて付与を判断する設計は条文の「その健康状態に応じて」に沿いますが、産業医の意見を挟む分だけ手順が増えます。
どちらでも、付与の基準、対象者と付与日、取得の実績を残します。落ちやすいのは、与えたのに取得されなかった場合です。その理由と、もう一度取得を勧めた記録まで含めないと、実施状況として示しにくくなります。
⑤ 健康診断の実施
⑤の健康診断は、労働安全衛生法にもとづく定期健康診断とは別に、長時間労働の状況に応じて行うものを指します。指針の文言は「労働者の勤務状況及びその健康状態に応じて、健康診断を実施すること」です。条文が「応じて」と条件を付けているとおり、限度時間を超えた労働者全員に一律で臨時の健康診断を行う趣旨ではありません。定期健康診断から間もない労働者に同じ項目を重ねても、医学的に得られる情報は限られます。
実務では、直近の定期健康診断からの経過期間と有所見の内容を確かめたうえで、必要な項目に絞った健康診断を産業医の判断で行う形が中心です。定期健康診断で所見のあった労働者に再検査を促すだけでは「健康診断を実施すること」を行った記録として示しにくいため、実施日と結果まで残る形にします。残す資料は、対象者の選定基準、受診者と受診日、結果にもとづく産業医の意見、就業上の措置の中身です。実施しないと判断した場合も、その理由を記録に残します。
⑥ 年次有給休暇の連続取得の促進
⑥で扱いにくいのは記録の方です。指針の文言は「年次有給休暇についてまとまった日数連続して取得することを含めてその取得を促進すること」です。繁忙期が終わったあとに連続した取得を促す、計画的付与制度を使う、といった進め方があります。促した事実は口頭で流れやすいので、通知文書や上長の声かけをどう残すかが、先に決めておく点です。ここに対象者の取得実績と連続して取得した日数を並べれば、促進の結果まで示せます。
⑦ 心とからだの健康問題についての相談窓口の設置
指針の文言は「心とからだの健康問題についての相談窓口を設置すること」です。厚生労働省のQ&Aは、相談窓口については設置することにより法令上の義務を果たしたことになるとしています。そのうえで、窓口が設置されている旨を労働者に十分周知し、窓口が効果的に機能するよう留意することを求めています。産業医や保健師による社内の健康相談窓口、外部の相談機関との契約、あるいはその両方が選択肢です。労働安全衛生法第13条の3も、労働者からの健康相談に産業医などが適切に対応できる体制を整えることを、事業者の努力義務として定めています。
記録についてQ&Aは、相談窓口を設置し労働者に周知した旨の記録と、協定の有効期間中に受け付けた相談件数の記録を保存するよう求めています。窓口の内容（担当者、連絡方法、受付時間）と、知らせた方法と日付（掲示、通知文書、イントラネットへの掲載など）を残せば、前者は満たせる内容です。相談の中身そのものは、労働者の心身の状態に関する情報にあたります。実施状況の記録とは切り分け、労働安全衛生法第104条にもとづく健康情報の取扱規程の管理下に置きます。
⑧ 配置転換
⑧が動くのは、面接指導や健康診断のあとです。産業医が就業場所の変更や作業の転換を意見した時点で、人事部門が配置転換を検討する段取りに入ります。指針の文言は「労働者の勤務状況及びその健康状態に配慮し、必要な場合には適切な部署に配置転換をすること」です。労働安全衛生法第66条の8第5項も、面接指導後の措置として就業場所の変更、作業の転換、労働時間の短縮、深夜業の回数の減少などを挙げています。協定の⑧は、この法定の措置と同じ流れに乗ります。
産業医から人事部門へ渡す意見は就業上の措置の内容に限られ、診断名や検査値を渡す前提ではありません。同項は、措置にあたって労働者の実情を考慮することを求めています。本人への説明と同意の確認、配置転換が不利益な取り扱いにならないことの確認を、検討の過程として残します。記録で落ちやすいのは、検討したうえで配置転換を行わなかった場合です。検討の経緯と産業医の意見に加えて、行わなかった理由まで残しておくと、判断の過程を示せます。
⑨ 産業医等による助言・指導、保健指導
⑨には、事業者が産業医から助言・指導を受ける場面と、労働者が産業医などから保健指導を受ける場面の両方が入ります。指針の文言は「必要に応じて、産業医等による助言・指導を受け、又は労働者に産業医等による保健指導を受けさせること」です。起点になるのは、労働安全衛生規則第14条の2が事業者に義務づけている産業医への情報提供です。時間外・休日労働が月80時間を超えた労働者の氏名と超えた時間を産業医に渡す場面があります。ここで限度時間を超えた労働者の状況も併せて報告し、対応について助言を受ける段取りにすると、法定の義務と協定の措置が同じ手順で回ります。
残す資料は、産業医への情報提供の記録、産業医からの助言・指導の中身、保健指導の対象者と実施日、衛生委員会などで報告した議事録です。長時間労働者の面接指導結果報告書や就業上の措置に関する意見書といった既存の様式に「協定にもとづく措置」の欄を足せば、様式を新設せずに済みます。
協定に書く措置を選ぶときの基準
協定する措置は、企業が実際に行えるものを選びます。届出様式の「具体的内容」欄に書いた中身が、そのまま実施状況の確認対象になるからです。行えない措置を協定に書くと、記載と実施状況のずれが生じます。
9項目のうち、①医師による面接指導、⑤健康診断、⑦相談窓口、⑨産業医等による助言・指導と保健指導の4つは、産業医や保健師が直接かかわる措置です。これらは実施のたびに医師・保健師の記録が残るので、実施状況を示す資料が自然にたまります。②深夜業の回数制限、③勤務間インターバル、④代償休日、⑥年次有給休暇は、勤怠データから実施状況を示せる措置です。「⑩ その他」は、9項目にあてはまらない企業独自の措置を書く欄で、記載例にある「職場での時短対策会議の開催」のように、労働時間を減らす取り組みを含められます。
出典：平成30年厚生労働省告示第323号第8条、厚生労働省「36協定届の記載例（特別条項）」、厚生労働省「改正労働基準法に関するQ&A」（平成31年4月）2-12・2-36・2-37、令和3年9月14日付け基発0914第1号、労働安全衛生法第13条の3・第66条の2・第66条の8・第66条の8の2・第66条の8の3・第66条の8の4・第104条、労働安全衛生規則第14条の2・第52条の6・第52条の7の3
協定書に書いてあるのに実施されていない措置の例
労基署が実施状況を確かめる以上、協定書の記載と実際の運用のずれが指摘の対象になります。
目立つのは①医師による面接指導です。協定に書いていながら、実際には労働安全衛生法にもとづく面接指導しか行っていない企業があります。法定の面接指導は、月80時間超かつ疲労の蓄積がある労働者からの申出により行うものです。協定の①で定めた「一定時間」が月45時間であれば、80時間に達しない労働者も対象に含まれます。この対象者を毎月抽出していなければ、記載と実施状況が一致しません。
③勤務間インターバルは、設定時間を決めたところで止まりやすい措置です。終業から始業までの間隔を割り出しておらず、未達日の把握と対応の記録がない状態を指します。⑦相談窓口のずれは記録の側に出ます。設置はしているものの、周知した旨の記録と、協定の有効期間中に受け付けた相談件数の記録が残っていない状態です。
いずれも、協定を結んだ時点では行う意思があったものの、月ごとの手順に組み込まれていないことが原因と考えられます。労働安全衛生法にもとづく面接指導と、協定にもとづく健康福祉確保措置は、根拠となる法令も、対象者の基準も、記録の保存期間も異なります。両者を別々に設計すると、片方が漏れがちです。
労働安全衛生法第66条の9は、法定の面接指導の対象にならない労働者のうち、健康への配慮が必要な人への措置を定めています。企業で決めた基準にあてはまる人に、面接指導または面接指導に準ずる措置を行うことが、事業者の努力義務です。協定の①で定める「一定時間」を、この基準と同じ数値にしておくと、法定の面接指導、努力義務の面接指導、協定にもとづく面接指導が一つの手順にまとまります。協定で定める数値は労使で協議して決めるもので、締結・届出の実務は働き方改革推進支援センターの専門相談窓口や社会保険労務士が扱います。
| 労働安全衛生法第66条の8の面接指導 | 要件は時間外・休日労働が月80時間超かつ疲労の蓄積（労働安全衛生規則第52条の2）、労働者の申出により実施（同規則第52条の3）、結果の記録は5年間保存（同規則第52条の6） |
| 労働安全衛生法第66条の9の面接指導等 | 企業で定めた基準にあてはまる人、努力義務（労働安全衛生規則第52条の8） |
| 36協定の健康福祉確保措置としての面接指導 | 協定で定めた「一定時間」を超えた人、実施状況の記録は協定の有効期間中と満了後5年間（当分の間3年間）保存（労働基準法施行規則第17条） |
出典：労働安全衛生法第66条の8・第66条の9、労働安全衛生規則第52条の2・第52条の3・第52条の6・第52条の8、労働基準法施行規則第17条
実施記録の残し方と法令ごとの保存期間
実施状況の記録は、毎月の手順に沿って残すと漏れがありません。
毎月の起点は、時間外・休日労働時間の算定です。あとは対象者の抽出、通知と面接指導などの案内、措置の実施、医師の意見聴取、意見を踏まえた対応、記録の保存と続きます。労働安全衛生規則第52条の2第2項は、時間外・休日労働時間の算定を毎月1回以上、決まった期日に行うことを事業者に義務づけています。同条第3項により、算定の結果80時間を超えた労働者には、超えた時間の情報を速やかに知らせなければなりません。この算定と通知の時点で、協定の「一定時間」を超えた労働者も同時に抽出しておくと、協定にもとづく措置の対象者が毎月確定します。
保存期間は、根拠となる法令ごとに違います。協定にもとづく措置の実施状況の記録は、協定の有効期間中と満了後5年間（当分の間3年間）です。労働安全衛生法にもとづく面接指導の結果の記録は5年間で、労働時間の状況の記録は労働安全衛生規則第52条の7の3第2項により3年間です。同じ労働者の同じ月の記録でも法令上の期間が違うため、実務ではいちばん長い期間に合わせて保存します。
産業医との情報共有も記録の一部です。労働安全衛生規則第14条の2にもとづく産業医への情報提供（月80時間超の労働者の氏名と超えた時間）は、算定後すみやかに行うことが義務です。該当者がいない月も、その旨を産業医に伝える必要があります（平成30年12月28日付け基発1228第16号）。この情報提供の記録に、協定にもとづく措置の対象者と実施状況を並べて書いておくと、産業医が企業の長時間労働の全体像をつかんだうえで助言できます。
出典：労働安全衛生規則第14条の2・第52条の2・第52条の6・第52条の7の3、労働基準法施行規則第17条、平成30年12月28日付け基発1228第16号
9月以降に企業が確認する協定の記載・対象者・記録の保存先
9月以降にまず見るのは、いまの36協定に書いた健康福祉確保措置の中身です。届出様式の「該当する番号」と「具体的内容」から、①を選んでいる場合は「一定時間」の数値、③を選んでいる場合はインターバルの設定時間をつかみます。書いた中身がいまの実務と一致しているかを、措置ごとに照らします。
記載と実務が一致していれば、次に見るのは対象者の抽出方法です。協定で定めた時間を超えた労働者を、毎月の算定の時点で抽出できる仕組みがあるかどうか。勤怠システムや健康管理システムで時間外・休日労働時間のしきい値を設定し、対象者を自動で抽出できると、抽出漏れが減ります。
残るのは実施記録の保存先です。面接指導の記録、産業医の意見、勤怠データの集計結果、相談窓口の周知文書が、どこに、いつまで保存されているかを確かめます。労働基準法第101条第1項は、労働基準監督官が事業場に臨検し、帳簿や書類の提出を求めることができると定めており、実施状況の記録もこの対象です。このうち面接指導の結果の記録は、疲労の蓄積の状況やその他の心身の状況を含みます。取扱権限者を限定して保管し、実施状況を示す資料としては実施日・実施者・対象者数の一覧を別に用意しておくと、心身の状況そのものを出さずに済みます。
協定の記載と実務のずれが見つかった場合、対応は2通りです。実務を協定の記載に合わせて整える方法と、次回の協定更新のときに実際に行える措置へ記載を改める方法があります。どちらを選ぶ場合も、産業医に現状を共有し、医学的な妥当性を確かめたうえで判断すると、健康障害防止の実効性が保てます。
36協定の締結や措置の設計に不明点がある場合は、働き方改革推進支援センターの専門相談窓口と、労基署の労働時間相談・支援班が無料で相談に応じています。
出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」（2026年8月19日）、労働基準法第101条、労働安全衛生規則第52条の6
執筆・監修
WellaboSWP編集チーム
「機能する産業保健の提供」をコンセプトとして、健康管理、健康経営を一気通貫して支えてきたメディヴァ保健事業部産業保健チームの経験やノウハウをご紹介している。WellaboSWP編集チームは、主にコンサルタントと産業医・保健師などの専門職で構成されている。株式会社メディヴァの健康経営推進チームに参画している者も所属している。
